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新药研发平台37问

一、云平台支持哪些CADD/AIDD场景？
二、云平台支持哪些应用？支持自定义工作流吗？
三、对CADD/AIDD研发部门来说，有哪些好处？
四、对IT部门来说，有哪些好处？

一、云平台支持哪些CADD/AIDD场景？

1、如何支持AIDD场景？
在AIDD方面，我们支持AlphaFold、RoseTTAFold等常用AI框架所需资料和快速环境的搭建，并支持更多组件按需集成。

2、平台支持分子对接吗？支持基因测序吗？还支持哪些CADD场景？平台可支持CADD中典型场景分子动力学模拟、分子对接、虚拟筛选等，并支持单细胞测序、全基因测序场景。

3、蛋白与蛋白docking可以在平台中运行吗？DOCK发展到现在整合多步骤的HADDOCK、ClusPro、SwamDock、RosettaDock等等，该领域的算法不断地升级迭代。平台也能够很方便地集成相关软件，提供验证环境。

4、想要通过平台筛选一些特定结构的分子，是否可以优化化合物库？如果您能够提供确切信息，可以一同讨论优化。同时，我们也准备了很多开源的分子库供大家使用，现在已支持Zinc、Drugbank、Maybridge、Enamine等。

5、目前平台中是否有自建的化合物数据库？
CADD研究过程中，不论是靶点的发现和优化、还是先导化合物的发现和优化，开源的分子库是必不可少的基础数据。目前开源的分子库数据分散各地，下载缓慢，格式不统一，更新频率不等，导致无法统一使用和管理，数据资产作用发挥有限。所以我们构建了fastone自有的分子库，并做好了进一步的数据准备。
例如：
1、数据预处理，合并或格式转换；
2、数据后处理，去重或力场优化。

6、你们可以协助做小分子设计吗？
我们不直接提供具体的小分子设计，我们负责搭建IT和信息平台，协助您完成相关的研发工作。

7、基因数据量很大，平台有什么好的解决办法？
对于GB级别的增量数据，我们支持以混合云组网专线的方式优化上传线路。传输通道使用DM工具，支持全自动化数据上传，可充分利用带宽，帮助用户快速上传、下载海量数据。
对于PB级别的存量数据，建议通过离线方式快速传输。

8、最终结果能否在线可视化查看？
平台支持图片、表格、HTML等多种形式展现。

二、云平台支持哪些应用？支持自定义工作流吗？

9、云平台能覆盖到我常用的软件吗？我们支持常用的生物/化学计算类应用，包括：生物化学与分子生物学/化学工程/生物化学/应用化学/生物工程/药物化学/分析化学/物理化学/高分子化学与物理。

10、具体来说，支持哪些生物/化学计算类应用/工具？我们支持几乎所有的生物/化学计算类应用/工具，包括：AutoDockVina、Amber、FastQC、DeltaVina、GATK、Gromacs、Schrödinger、NetMHC、Rosetta、BCFtools等。

更多支持应用列表，欢迎文末扫码添加小F获取。

11、你们支持Alphafold吗？
我们可以快速提供Alphafold等常用环境，方便用户快速进行后续研究。

12、我们用的软件是自己编译的，你们平台支持吗？
支持。我们提供的集群环境镜像已包含常见应用工具运行所需的依赖库，用户也可以自行安装配置。

13、对于一些商业软件例如Schrödinger，你们提供License吗？
商业软件的License文件需要客户自行提供，fastone提供License Server进行统一管理。

14、分子对接流程能不能自定义？上云之后每次都要重新弄一遍吗？
很多时候，现成的应用往往无法满足用户的需求，需要根据自己的模型和研究目标，自定义设置一套独有的工作流程。
特别是新药研发所涉及的应用上，可以说几乎没有一模一样的工作流。我们已经实现了多款应用（如Vina、Amber）的自定义工作流，可以根据用户的实际使用场景（包括入参文件、结果文件、流程使用方式、步骤以及相关说明等）实现自定义模板和脚本自动化。用户也可以提供脚本，由我们协助完成并行化改造。

15、你们是否提供固定的工作流模板？
提供。
用户在进行了一次或多次复杂的设定之后，能把这些设定保存成固定模板，不用重复手动去一步步重新设置。一次制作，反复使用，省时省力，还不用担心中间出错。而且，这套自定义的设置是可以跨应用存在的，不一定局限在一个应用范围内。自己重复用，共享给团队的其他人用，都可以。

16、你们是怎么帮助我们做工作流优化的？
我们有通用的框架。我们也有对应的CADD专家，可理解您的业务需求，快速设计出合理的相关流程。

17、你们的云平台如何与CADD应用相结合适配？
我们提供两种模式进行适配：任务模式和集群模式。
集群模式为用户提供了一个灵活的环境，用户可在集群模式下进行一系列的调整和优化，自由度非常高。
如果您习惯使用图形化界面操作，我们也提供图形桌面，您可通过Web浏览器启动集群，跳转到虚拟桌面，并可在该桌面直接操作应用进行相应设置以开启云端任务。当用户在集群模式下跑通了之后，可以选择将整个流程固化下来，方便更多研发人员使用。此时我们可以帮助用户将此套流程转换成固定的任务模式，让更多的人可以使用这个成熟的框架，从而加速后续的整体研发效率。

三、对AIDD/CADD研发部门来说，有哪些好处？

18、你们的平台容易操作吗？用起来会不会很麻烦？
我们为AIDD/CADD研发人员提供了一整套即开即用的新药研发环境，从登录桌面、打开应用、配置、提交任务、自动上云开机运行任务并自动关机、查看结果进行调试……用户所需要的操作与本地几乎完全一致，每一步只需在平台上使用鼠标简单点选即可完成。、

19、有些应用需要先跑完主任务再跑其他任务，上云可以智能化跑任务吗？
有些应用在运算时存在依从机制，每若干个任务中包含1个主任务，只有当主任务运行结束后，其他任务才能开始并行运算。
由于任务有先后，所以需要先跑主任务，在每个主任务完成之后自动调度资源并行运算其他任务。
而不同任务完成时间可能不同，对资源的需求量可能时高时低有波动，最终结束关机时间也不同。
我们使用Slurm调度器按顺序调度任务排队，Auto-Scale功能可自动监控任务和资源需求，动态按需地开启与关闭所需资源。详细的自动化过程可参考27问。

20、做分子对接，动不动就是几百万上千万个分子，太贵了，有节约成本的方案吗？
分子对接规模如果巨大，有什么好的解决办法能加快这个过程？怎么做到的？分子对接的一大特征是任务数量庞大而单个任务计算时间短，单个分子对接的时间通常在几分钟以内（与参数设置有关）。
这一特征天然匹配云端的SPOT实例。
当便宜且随时可能被抢占中断的SPOT实例遇到迷你却海量的分子对接任务，简直就是天造地设的一对。
1、常规分子对接任务几分钟即可算完，特别适合SPOT这种分分钟可能被抢走的状态；
2、fastone平台具备自动重试功能，一个任务被中断可以自动重新提交，任务之间互相不影响，重新提交单个任务影响很小。详见《生信云实证Vol.3：提速2920倍！用AutoDock Vina对接2800万个分子》

21、任务量比较大，想提前预估一下费用再做决策，有没有什么好办法？
我们平台预设了智能预测功能，以MOE为例。
用户在fastone平台的图形化操作界面运算MOE任务，完成以下步骤：
1、用户上传数据文件（平台自动解析文件，判断其中包含的分子数量）
2、用户输入期望的运算时间（平台推荐用户适配机型或用户自行选择机型）
3、系统得出预测成本

项目负责人能够非常方便地使用该功能预估项目费用，完成项目规划和申请。

22、我要跑TPU，你们支持吗？
支持。
用户可以通过我们平台获取到TPU资源。

23、有时会遇到CADD模拟出的结果与实际结果有一定出入，这是为什么？
CADD本身是模拟的结果，通过不断的迭代，力场的优化，会不断接近实际情况。CADD和实际的实验数据相结合，反复设计和迭代，可以达到很好的效果。

24、有些任务需要使用大量的GPU资源，你们有吗？
当单个云厂商的GPU资源难以满足需求时，我们会根据用户任务需要和特性，跨多家公有云厂商，智能自动化调度云端GPU异构资源，保证用户对GPU的需求得到满足。

25、GPU资源很贵，有没有节约成本的方案？
GPU资源在不同云厂商之间有着显著的差异，而且往往资源多的售价高，便宜的资源少，同时兼顾成本和效率是必须要考虑的问题。以各大公有云厂商在北京地区的GPU实例（V100）按需价格为例，最高价格超过最低价2倍。

我们平台可综合考量用户对完成任务所需时间和成本的具体要求，在多个云厂商的资源之间选择最适配的组合方案，为用户跨地区、跨云厂商调度所需资源。

26、用Amber跑任务，用GPU跑非常快，但是有时候会跑失败，用CPU虽然稳定但是慢，你们怎么解决？
这是Amber18版本的固有问题，在使用GPU时计算时有10-15%概率失败，需要及时调度CPU资源重新计算。我们平台支持优先使用GPU计算，当任务失败时，自动调用CPU重新计算。
该问题已在Amber20中修复。

27、有时大半夜任务跑失败了,第二天早上才发现,很浪费时间是否有自动重复提交任务的功能?
放着机器通宵跑任务时总会幻想:第二天一早,任务已经跑完了,完美。
现实是:任务才跑了10%。任务出错,进度条卡住,可能会有两种情形:
第一种:每个任务之间独立,彼此没有关联
一般任务数量越多失败的任务数量大概率也会变多。
第二种:每个任务间有明确的先后处理顺序必须从A任务按序跑到Z。
假如到F任务就失败了，整个任务就此停滞凉凉。

自动检查任务状态并对失败任务及时重复提交的功能,就是这种场景的克星,尤其是第二种,不然等待着你的,大概就是通宵，同时睁大你的双眼了。
我们的任务监控告警功能,还会时刻监控任务状态,通过IM及时通知用户,任务出现异常或已经完成。
详情可扫码:王者带飞LeDock!开箱即用&一键定位分子库+全流程自动化,3.5小时完成20万分子对接

四、对IT部门来说，有哪些好处？

28、现在公司里才几台机器，天天维护头就很大了，云上这么多机器还不得把自己搞秃了？
云上的运行环境都是自动化配置的，不需要人工干预，用户还可以通过平台进行统一管理和监控，方便易操作。
举个例子，我们的Auto-Scale功能可以自动监控用户提交的任务数量和资源的需求，动态按需地开启和关闭所需算力资源，在不够的时候，还能根据不同的用户策略，自动化调度本区域及其他区域的目标类型或相似类型实例资源。所有操作都是自动化完成，无需用户干预。
下图就是开启Auto-Scale功能后，用户某项目一周之内所调用云端计算资源的动态情况。
其中橙色曲线为OD实例的使用状况，红色曲线为SPOT的使用状况。

Auto-Scale功能可以根据任务运算情况动态开启云端资源，并在波峰过去后自动关闭，让资源的使用随着用户的需求自动扩张及缩小，最大程度匹配任务需求。

29、你们是什么存储策略？费用呢？冷存储和热存储的费用是不一样的，我们会根据用户的情况提供个性化的解决方案。

30、数据备份的频率如何？最高可以达到多少？现有策略怎样？默认每周六进行数据备份，也可以根据客户需求按天或按小时备份。

31、使用平台的工作人员比较多，能否对每个人设置使用资源的上限？
fastone平台的权限和角色管理功能，支持管理员角色对每一个用户进行相关权限设定，包括预算使用上限和CPU核数使用上限，从而在全局角度管控项目的资源消耗。该功能与智能预测配合使用，能够从多个层面对预算和资源进行全方位规划。

32、公司里还有些机器能用，你们支持混合云模式吗？
支持。
可以将本地机器做成集群，也可以基于本地机器搭建混合云平台。我们支持本地资源不足的时候，自动溢出到云上。

33、你们怎么实现混合云？
云资源和本地之间通过安全的数据通道连接，所有资源在fastone平台统一管理，有统一视图，并按需智能调度，不改变用户的使用习惯。

34、公司里已经有机器了，再增加一套云环境，IT管理上会不会变麻烦？通过我们可以在不增加负担的情况下对接多云，减少IT管理压力。我们的自动化管理平台很容易上手，对提升研发效率和资源利用率都有很大帮助。

35、我们公司有海外研发部门，用你们平台方便吗？
我们的平台支持全球部署，我们会全球的优化组网，统一用户管理，数据管理，优化的远程接入方式，保持一致的用户体验。

36、云上云下的安全如何保障？
安全是一个立体的概念，包括系统安全、应用安全、流程安全、数据安全等很多方面。
云的基础架构和传统IT架构在安全方面并没有本质上的区别，依然是利用计算节点和存储资源。很多人觉得这两者之间存在差异，我们认为这取决于个人的认知。本地的安全措施在云上都可以实现，同时云厂商本身还提供更强大的安全保障。

37、数据安全如何实现？
数据全部通过安全协议传输，并支持RBAC的数据访问认证鉴权。同时，我们还支持数据加密存储，算法可自定义。

- END -

我们有个新药研发云平台
集成多种生命科学领域应用，大量任务多节点并行
应对短时间爆发性需求，连网即用
跑任务快，原来几个月甚至几年，现在只需几小时
快速上手，拖拉点选可视化界面，无需代码
支持高级用户直接在云端创建集群

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