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AlphaFold2实证,生信云平台,蛋白质预测,gpu集群

应用简介:

"结构就是功能"——蛋白质的工作原理和作用取决于其3D形状。
​2020年末,基于深度神经网络的AlphaFold2,一举破解了困扰生物学界长达五十年之久的“蛋白质折叠”难题,改变了科学研究的游戏规则,可以从蛋白质序列直接预测蛋白质结构,实现了计算机蛋白质建模极高的精确度。
​自AF2问世以来,全世界数百万研究者已经在疟疾疫苗、癌症治疗和酶设计等诸多领域取得了突破。


实证简述:

我们通常说的AlphaFold2是指一个利用多个外部开源程序和数据库,通过蛋白质序列预测其3D结构的系统。
整个蛋白质结构预测计算过程大致可以分为两个阶段:
一、数据预处理
二、模型推理与优化
前者需要比对和搜索的数据总和达到了TB量级,涉及数据库密集I/O读写,因此对I/O有较高的要求。其计算耗时与蛋白序列长度正相关,主要使用CPU计算资源。
后者的计算耗时则与迭代次数正相关,主要使用GPU计算资源。


想知道怎么使用AlphaFold2最最快乐?
怎么快速完成蛋白质结构预测任务?
我们能在背后帮你默默干点什么?



详情参见白皮书正文。

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